Con Resolución de Asamblea Estatutaria 001-2014-AE-UNAP del 15 de diciembre de 2014 se aprobó el nuevo Estatuto de la UNAP de conformidad con la Ley 30220 (Ley Universitaria). El Estatuto en su título VI, capítulo XXXIV establece la nueva estructura orgánica de la Universidad Nacional de la Amazonía Peruana que es la siguiente:
DE LA ESTRUCTURA ORGÁNICA
Artículo 95. La estructura orgánica de la Universidad Nacional de la Amazonía Peruana tiene como régimen académico a las Facultades, como órganos operativos, autónomos, descentralizados e integrados; su régimen administrativo cuenta con una estructura orgánica con funciones subordinadas al aspecto académico, de investigación y de promoción a la cultura; comprende:
1. Órganos de gobierno
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- Asamblea Universitaria
- Consejo Universitario
- Consejos de Facultades
2. Órganos de alta Dirección
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- Rectorado
- Vicerrectorados
- Decanatos
3. Órganos autónomos
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- Comité Electoral Universitario
- Tribunal de Honor Universitario
- Defensoría Universitaria
- Comisión Permanente de Fiscalización.
4. Órganos de apoyo
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- Secretaría General
- Dirección General de Administración
- Oficina Central de Ejecución Presupuestaria
- Oficina Central de Administración de Recursos Humanos
- Oficina Central de Ingeniería y Desarrollo de Infraestructura
- Oficina Central de Servicios Generales y Transporte
- Oficina Central de Producción de Bienes y Servicios
- Oficina General de Registro y Asuntos Académicos
- Oficina General de Investigación
- Oficina Central de Imagen Institucional, (Interinstitucionales, apoyo al becario)
- Oficina Central de Calidad Académica, Acreditación y Certificación
- Oficina General de Bienestar Universitario
- Oficina Central de Informática
- Biblioteca Central
- Oficina de Enlace
5. Órganos de Línea
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- Facultades
- Agronomía
- Ciencias Biológicas
- Ciencias de la Educación y Humanidades
- Ciencias Económicas y de Negocios
- Ciencias Forestales
- Derecho y Ciencia Política
- Enfermería
- Farmacia y Bioquímica
- Industrias Alimentarias
- Ingeniería Química
- Ingeniería de Sistemas e Informática
- Medicina Humana
- Odontología
- Zootecnia
- Escuela de Postgrado.
- Facultades
6. Órganos de asesoramiento
- Oficina de Asesoría Jurídica
- Oficina General de Planificación
La estructura orgánica de la Universidad Nacional de la Amazonía Peruana es dinámica de acuerdo al desarrollo de la institución. Las funciones se norman por el Reglamento General de la Universidad Nacional de la Amazonía Peruana.
