- Rectorado
- Secretaría General
- Vicerrectorado Académico
- Vicerrectorado Administrativo
- Escuela de Postgrado
- Asamblea Universitaria
- Biblioteca Central
- Botica Universitaria
- Centro de Capacitación en Conservación Interdisciplinaria en Amazonía Occidental (CCCIAMAZ-UNAP)
- Centro de Estudios Preuniversitario de la UNAP (CEPREUNAP)
- Centro de Idiomas
- Centro de Investigación de Lenguas Indígenas de la Amazonía Peruana (CILIAP)
- Centro de Referencia e Información de Suelos de la Amazonía Peruana (CRISAP)
- Consejo Universitario
- Facultad de Agronomía
- Facultad de Ciencias Biológicas
- Facultad de Ciencias de la Educación y Humanidades
- Facultad de Ciencias Económicas y de Negocios
- Facultad de Ciencias Forestales
- Facultad de Derecho y Ciencias Políticas
- Facultad de Enfermería
- Facultad de Farmacia y Bioquímica
- Facultad de Industrias Alimentarias
- Facultad de Ingenieria de Sistemas e Informatica
- Facultad de Ingeniería Química
- Facultad de Medicina Humana
- Facultad de Odontología
- Facultad de Zootecnia
- Fondo Editorial Universitario (FEU)
- Fundación para el Desarrollo Sostenible de la Amazonía Baja del Perú (FUNDESAB)
- Institución Educativa Experimental UNAP
- Institución Educativa Inicial Maria Reiche
- Librería UNAP
- Laboratorio de Investigación de Productos Naturales Antiparasitarios de la Amazonía (LIPNAA)
- Oficina de Admisión
- Oficina de Asesoria Legal
- Oficina de Coordinación en Lima
- Oficina de Imagen Institucional
- Oficina de Relaciones Interinstitucionales
- Oficina de Sistemas Informáticos y Comunicaciones (OSIC)
- Oficina de Transportes
- Oficina Ejecutiva de Abastecimiento
- Oficina Ejecutiva de Contabilidad
- Oficina Ejecutiva de Control Patrimonial
- Oficina Ejecutiva de Estadística
- Oficina Ejecutiva de Planeamiento y Desarrollo
- Oficina Ejecutiva de Racionalización
- Oficina Ejecutiva de Tesorería
- Oficina General de Administración (OGA)
- Oficina General de Asuntos Académicos (OGAA)
- Oficina General de Bienestar Universitario (OGEBU)
- Oficina General de Extensión y Proyección Universitaria (OGEPU)
- Oficina General de Infraestructura
- Oficina General de Investigación de la UNAP (OGINV)
- Oficina General de Mantenimiento y Servicios
- Oficina General de Personal
- Oficina General de Planificación y Presupuesto
- Órgano de Control Institucional
- Facultad de Industrias Alimentarias
- Facultad de Ciencias de la Educación y Humanidades
- Facultad de Farmacia y Bioquímica
- Facultad de Derecho y Ciencias Políticas
- Facultad de Agronomía
- Laboratorio de Investigación de Productos Naturales Antiparasitarios de la Amazonía
- Facultad de Ciencias Biológicas
- Facultad de Ingeniería de Sistemas e Informática
- Facultad de Ciencias Forestales
- Facultad de Enfermería
- Escuela de Postgrado
- Facultad de Odontología
